La historia se centra en 7 niños de Japón, que son transportados al Mundo digital después de encontrar unos Digivice y ser arrastrados por una "gran ola", llegando así a la Isla File (lit. «Isla archivo»). Allí encuentran a sus compañeros Digimon, y con su ayuda, aprenderán a sobrevivir pese a las adversidades de estar en un mundo desconocido. Conforme avanza la serie, descubren que son los Niños elegidos. A mitad de la serie se integra el octavo niño elegido con su Digimon. Los 8 niños tendrán que luchar contra las fuerzas de la oscuridad que quieren apoderarse del mundo digital y el mundo real.