Digimon Tamers toma lugar en una continuidad diferente a la de su predecesora, un mundo parecido al nuestro donde los digimon son una franquicia de juguetes y una serie de TV. O eso es lo que las personas normales suponen... Un grupo de niños de 10 años, Takato Matsuki, Henry Wong y Rika Nonaka, se alían con sus propios digimon, para poder detener a los digimons salvajes que intentan invadir el Mundo Real y a una sombría organización del gobierno, que también va contra los salvajes, aunque con propósitos diferentes.